คอหอยของมนุษย์โดยทั่วไปแบ่งออกเป็น 3 ส่วน ได้แก่

คอหอยส่วนปาก

คอหอยส่วนปาก หรือคอหอยหลังช่องปาก (oropharynx) เป็นส่วนที่อยู่หลังช่องปาก ผนังด้านหน้าประกอบด้วยฐานของลิ้นและวัลเลคิวลา (vallecula; ช่องระหว่างลิ้นกับฝาปิดกล่องเสียง) ผนังด้านข้างเกิดจากต่อมทอนซิล, แอ่งทอนซิล (tonsillar fossa) , และผนังช่องปาก (faucial pillars) ผนังด้านบนประกอบด้วยพื้นผิวด้านล่างของเพดานอ่อนและลิ้นไก่

คอหอยส่วนจมูก

คอหอยส่วนจมูก หรือคอหอยหลังโพรงจมูก (nasopharynx) ตั้งอยู่ด้านหลังโพรงจมูก ด้านหลังเยื้องด้านบนของส่วนนี้ มาจากระดับรอยต่อของเพดานอ่อนและเพดานแข็ง ถึงฐานของกะโหลกศีรษะ ด้านข้างเป็นแอ่งโรเซนมุลเลอร์ (fossa of Rosenmuller) ผนังด้านล่างประกอบด้วยพื้นผิวด้านบนของเพดานอ่อน

คอหอยส่วนกล่องเสียง

คอหอยส่วนกล่องเสียง หรือคอหอยหลังกล่องเสียง (laryngopharynx หรือ hypopharynx) อยู่ที่ประมาณระดับ C3 ถึง C6 บริเวณนี้มีจุดเชื่อมกล่องเสียงและหลอดอาหาร (บริเวณหลังกระดูกอ่อนไครคอยด์ (postcricoid area)) , แอ่งพิริฟอร์ม (piriform sinus) , และผนังคอหอยด้านหลัง (posterior pharyngeal wall)

เช่นเดียวกับคอหอยส่วนปากที่อยู่ด้านบน คอหอยส่วนกล่องเสียงเป็นทางผ่านของทั้งอาหารและอากาศ และดาดด้วยเนื้อเยื่อบุผิวชนิดสแตรทิฟายด์ สความัส (stratified squamous epithelium)

ส่วนนี้จะวางตัวอยู่ด้านหน้าฝาปิดกล่องเสียง และยื่นลงมาจดกล่องเสียงซึ่งเป็นบริเวณที่แยกออกเป็นทางเดินหายใจและทางเดินอาหาร หลอดอาหารจะนำอาหารลงไปยังกระเพาะอาหาร ส่วนอากาศจะผ่านกล่องเสียงซึ่งอยู่ด้านหน้า ระหว่างการกลืนการหายใจจะหยุดชั่วครู่เพื่อให้อากาศผ่านลงไปยังหลอดอาหาร